Toutes les eaux sont vulnérables à la pollution par des micro-organismes.

• Les bactéries et les virus:

Les bactéries qui sont des indicateurs de la pollution fécale sont introduit dans l'environnement par le déversement des eaux usées municipales qui ont ou non été traitées au préalable.

La croissance des germes peut être à l'origine de nombreux problèmes dans le système de distribution : consommation d'oxygène dissout, corrosion, mauvais goût de l'eau.

• Les phytoplanctons et les zooplanctons

L'eau de surface contient de nombreux organismes tels que les Phytoplanctons et les Zooplanctons. Certains de ces organismes comme les Actinomycetes et les Cyanophyceae secrètent des composés qui donne à l'eau un mauvais goût et une mauvaise odeur. D'autres sont pathogène pour l'homme.

La présence d'algues et de macroorganimes dans le système d'alimentation en eau est déplaisant pour la consommation et leur croissance peut s'accompagner de perturbations du milieu naturel.

En plus, lors de leur mort ou lors de leur croissance, certains microorganismes secrètent des métabolites toxiques pour les animaux.